COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 20.378425 20.378425 18.245085
2021-03-03 17:00:00 18.023336 18.023336 18.061529
2021-03-02 17:00:00 16.231033 16.231033 17.850611
2021-03-01 17:00:00 19.579563 19.579563 17.728157
2021-02-28 17:00:00 16.711185 16.711185 17.474669
2021-02-27 17:00:00 17.164843 17.164843 17.232606
2021-02-26 17:00:00 18.988995 18.988995 17.045837

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 23.105902 23.105902 13.599413
2021-03-03 17:00:00 22.541306 22.541306 13.195857
2021-03-02 17:00:00 11.061151 24.437950 12.885888
2021-03-01 17:00:00 4.203633 4.203633 11.967952
2021-02-28 17:00:00 7.593583 7.593583 11.681191
2021-02-27 17:00:00 12.965668 12.965668 11.372454
2021-02-26 17:00:00 19.241983 19.241983 11.340217

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 17.453505 17.453505 13.288632
2021-03-03 17:00:00 15.856777 15.856777 13.539576
2021-03-02 17:00:00 14.121037 14.121037 13.694480
2021-03-01 17:00:00 7.129278 7.129278 13.403115
2021-02-28 17:00:00 11.373874 11.373874 13.282160
2021-02-27 17:00:00 13.714286 13.714286 13.193687
2021-02-26 17:00:00 13.509317 13.509317 13.394028

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 9.354305 9.354305 8.109576
2021-03-03 17:00:00 9.087317 9.087317 8.054868
2021-03-02 17:00:00 5.049505 5.049505 7.943353
2021-03-01 17:00:00 10.965868 6.582389 7.831729
2021-02-28 17:00:00 9.667674 9.667674 7.821901
2021-02-27 17:00:00 8.151700 8.151700 7.910475
2021-02-26 17:00:00 8.992537 8.992537 7.944800

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 17.024925 17.024925 16.802535
2021-03-03 17:00:00 15.923374 15.923374 16.749827
2021-03-02 17:00:00 18.940937 18.940937 16.440716
2021-03-01 17:00:00 20.148778 20.148778 16.029815
2021-02-28 17:00:00 14.674536 14.674536 15.701875
2021-02-27 17:00:00 15.083418 15.083418 15.325633
2021-02-26 17:00:00 18.623392 18.623392 15.037186

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 30.340963 34.867790 35.662784
2021-03-03 17:00:00 33.405876 33.405876 34.880333
2021-03-02 17:00:00 35.533879 43.529002 34.630260
2021-03-01 17:00:00 68.558606 37.281080 34.816836
2021-02-28 17:00:00 35.251216 35.251216 34.638647
2021-02-27 17:00:00 33.272251 33.272251 34.152527
2021-02-26 17:00:00 36.965260 36.965260 34.007610

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 18.498274 18.498274 18.151693
2021-03-03 17:00:00 19.862425 19.862425 18.000583
2021-03-02 17:00:00 15.100883 15.100883 17.658820
2021-03-01 17:00:00 18.756816 18.756816 17.048772
2021-02-28 17:00:00 18.522542 18.522542 16.858662
2021-02-27 17:00:00 18.787635 18.787635 16.367407
2021-02-26 17:00:00 16.678546 16.678546 15.991242

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 8.701876 8.701876 7.073231
2021-03-03 17:00:00 7.535197 7.535197 6.984481
2021-03-02 17:00:00 5.439311 6.057053 6.818026
2021-03-01 17:00:00 9.786277 5.337696 6.689910
2021-02-28 17:00:00 6.818182 6.818182 6.651456
2021-02-27 17:00:00 7.032106 7.032106 6.534045
2021-02-26 17:00:00 8.462554 8.462554 6.447014

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 14.541623 14.541623 13.475160
2021-03-03 17:00:00 13.161660 13.161660 13.256767
2021-03-02 17:00:00 12.602842 12.602842 13.149450
2021-03-01 17:00:00 13.739440 13.739440 13.348418
2021-02-28 17:00:00 12.326044 12.326044 13.403628
2021-02-27 17:00:00 13.033791 13.033791 13.457037
2021-02-26 17:00:00 13.764706 13.764706 13.351832

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 31.602736 31.602736 30.894263
2021-03-03 17:00:00 32.208266 32.208266 30.497017
2021-03-02 17:00:00 37.199644 37.199644 30.146324
2021-03-01 17:00:00 28.162512 28.162512 29.731943
2021-02-28 17:00:00 26.627933 26.627933 29.169427
2021-02-27 17:00:00 31.014579 31.014579 28.491076
2021-02-26 17:00:00 30.256955 30.256955 27.835041

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 23.342647 23.342647 16.324635
2021-03-03 17:00:00 15.881984 15.881984 16.307827
2021-03-02 17:00:00 8.234127 8.234127 15.952205
2021-03-01 17:00:00 24.545955 24.545955 15.814381
2021-02-28 17:00:00 22.826087 22.826087 15.530889
2021-02-27 17:00:00 13.491124 13.491124 15.346624
2021-02-26 17:00:00 19.741007 19.741007 15.208112

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 7.865169 7.865169 9.853826
2021-03-03 17:00:00 8.985283 8.985283 9.890061
2021-03-02 17:00:00 3.742204 3.742204 9.598275
2021-03-01 17:00:00 18.303571 18.303571 9.694685
2021-02-28 17:00:00 13.846154 13.846154 9.554791
2021-02-27 17:00:00 8.213820 8.213820 9.470643
2021-02-26 17:00:00 12.805474 12.805474 9.564678

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 55.482456 55.482456 58.644953
2021-03-03 17:00:00 69.825436 69.825436 60.394622
2021-03-02 17:00:00 100.425532 54.066438 63.241981
2021-03-01 17:00:00 63.350785 28.009259 64.406534
2021-02-28 17:00:00 52.314815 52.314815 65.333227
2021-02-27 17:00:00 75.714286 75.714286 66.849921
2021-02-26 17:00:00 69.721116 69.721116 69.109072

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 62.397820 62.397820 77.154652
2021-03-03 17:00:00 52.500000 88.366337 78.688618
2021-03-02 17:00:00 47.311828 47.311828 79.539780
2021-03-01 17:00:00 15.489130 89.402174 82.008888
2021-02-28 17:00:00 74.772727 74.772727 83.061538
2021-02-27 17:00:00 59.098787 87.212276 83.912560
2021-02-26 17:00:00 89.769821 89.769821 84.633171

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 41.553212 28.571429 19.832562
2021-03-03 17:00:00 19.730424 19.730424 19.564187
2021-03-02 17:00:00 16.203424 16.203424 19.045671
2021-03-01 17:00:00 25.920108 25.920108 18.831769
2021-02-28 17:00:00 18.969506 18.969506 18.466731
2021-02-27 17:00:00 17.064062 17.064062 18.064769
2021-02-26 17:00:00 16.592367 16.592367 17.778279

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 31.193059 24.154013 24.031297
2021-03-03 17:00:00 26.682184 26.682184 23.954385
2021-03-02 17:00:00 15.975591 21.872322 23.331447
2021-03-01 17:00:00 21.986063 22.841649 23.504170
2021-02-28 17:00:00 53.262519 23.407803 23.808814
2021-02-27 17:00:00 23.528179 23.528179 23.831538
2021-02-26 17:00:00 23.101067 23.101067 23.822498

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 4.612756 4.612756 3.780058
2021-03-03 17:00:00 4.263402 3.250317 3.750045
2021-03-02 17:00:00 3.399709 3.399709 3.668879
2021-03-01 17:00:00 3.602882 3.821340 3.757585
2021-02-28 17:00:00 3.725206 3.725206 3.821576
2021-02-27 17:00:00 3.878734 3.878734 3.849233
2021-02-26 17:00:00 3.899721 3.899721 3.814517

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 12.436154 11.372868 10.731755
2021-03-03 17:00:00 10.933063 10.933063 10.717225
2021-03-02 17:00:00 12.382411 11.405542 10.621062
2021-03-01 17:00:00 9.719398 9.719398 10.543789
2021-02-28 17:00:00 9.320988 9.320988 10.438244
2021-02-27 17:00:00 10.349650 10.349650 10.384396
2021-02-26 17:00:00 11.571572 11.571572 10.231696

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 9.512476 9.512476 8.998338
2021-03-03 17:00:00 8.772724 8.772724 8.974635
2021-03-02 17:00:00 9.147501 9.147501 8.974520
2021-03-01 17:00:00 12.183940 7.582570 8.935534
2021-02-28 17:00:00 9.579334 9.579334 8.906258
2021-02-27 17:00:00 9.071866 9.071866 8.864377
2021-02-26 17:00:00 10.627119 10.627119 8.819142

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 29.535398 29.535398 29.187192
2021-03-03 17:00:00 25.704526 25.704526 29.005494
2021-03-02 17:00:00 45.085803 45.085803 28.554632
2021-03-01 17:00:00 58.088235 29.340659 28.326392
2021-02-28 17:00:00 65.432099 22.734584 28.037497
2021-02-27 17:00:00 25.274725 25.274725 28.285873
2021-02-26 17:00:00 31.765835 31.765835 28.242669

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 11.224490 11.224490 6.904234
2021-03-03 17:00:00 5.487805 5.487805 7.151879
2021-03-02 17:00:00 6.896552 6.896552 6.896971
2021-03-01 17:00:00 7.142857 7.142857 7.103574
2021-02-28 17:00:00 18.032787 5.191257 6.978023
2021-02-27 17:00:00 6.666667 6.666667 6.820613
2021-02-26 17:00:00 11.206897 11.206897 6.800407

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-04 17:00:00 35.883205 30.164093 33.929512
2021-03-03 17:00:00 33.030382 33.030382 33.595598
2021-03-02 17:00:00 29.554753 29.554753 33.657673
2021-03-01 17:00:00 34.795153 67.743797 32.909992
2021-02-28 17:00:00 30.417362 30.417362 32.328846
2021-02-27 17:00:00 32.830864 32.830864 32.179795
2021-02-26 17:00:00 35.244671 35.244671 31.557346

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 23.105902 23.105902 13.599413
Basilicata 17.453505 17.453505 13.288632
Calabria 9.354305 9.354305 8.109576
Campania 17.024925 17.024925 16.802535
Emilia-Romagna 30.340963 34.867790 35.662784
Friuli Venezia Giulia 18.498274 18.498274 18.151693
Lazio 8.701876 8.701876 7.073231
Liguria 14.541623 14.541623 13.475160
Lombardia 31.602736 31.602736 30.894263
Marche 23.342647 23.342647 16.324635
Molise 7.865169 7.865169 9.853826
P.A. Bolzano 55.482456 55.482456 58.644953
P.A. Trento 62.397820 62.397820 77.154652
Piemonte 41.553212 28.571429 19.832562
Puglia 31.193059 24.154013 24.031297
Sardegna 4.612756 4.612756 3.780058
Sicilia 12.436154 11.372868 10.731755
Toscana 9.512476 9.512476 8.998338
Umbria 29.535398 29.535398 29.187192
Valle d'Aosta 11.224490 11.224490 6.904234
Veneto 35.883205 30.164093 33.929512

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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